行業(yè)動(dòng)態(tài)

基因測(cè)序的云計(jì)算平臺(tái)可能帶來的變革與進(jìn)步

文章來源：思邁奧人氣：1630發(fā)表時(shí)間：2016-04-22【小 中 大】

自二代測(cè)序的技術(shù)問世以來，就一直是研究和臨床領(lǐng)域關(guān)注的重點(diǎn)。隨著整個(gè)行業(yè)的技術(shù)發(fā)展，二代測(cè)序也帶動(dòng)了整個(gè)基因研究的產(chǎn)業(yè)鏈。在二代測(cè)序的產(chǎn)業(yè)鏈中，上游做檢測(cè)，中游做分析，下游做應(yīng)用。在測(cè)序價(jià)格持續(xù)下降的情況下，中游測(cè)序數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析成為了提高效率最大的瓶頸。

　　傳統(tǒng)的測(cè)序數(shù)據(jù)分析依賴于本地服務(wù)器的性能。而可以預(yù)見的是不斷下降的測(cè)序價(jià)格將會(huì)帶來更多海量測(cè)序數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，而巨大數(shù)量的測(cè)序數(shù)據(jù)無疑會(huì)延長獲得測(cè)序分析結(jié)果的時(shí)間。目前可能較好的解決方法是通過云計(jì)算的方式去做，云計(jì)算的優(yōu)勢(shì)在于能夠通過分布式計(jì)算對(duì)大數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，從而極大提升運(yùn)算效率以及降低成本。

　　目前國外的云計(jì)算平臺(tái)Seven Bridge已經(jīng)做的比較成熟，對(duì)二代測(cè)序數(shù)據(jù)也能夠進(jìn)行快速分析。缺點(diǎn)是作為典型的pipeline式分析，對(duì)用戶的要求比較高，對(duì)于國內(nèi)用戶群體的使用會(huì)有一些障礙。而在國內(nèi)的云計(jì)算平臺(tái)中，GCBI將于2016年2月底發(fā)布新的全基因組測(cè)序分析平臺(tái)，雖然還沒有公布具體的信息，但是希望能夠體現(xiàn)基本功能的高效率和高可用性。
　　接下來我們看看在不同的領(lǐng)域，測(cè)序的云計(jì)算平臺(tái)可能帶來的變革與進(jìn)步。
　　科研領(lǐng)域
　　科研研究者一直是測(cè)序的重要使用群體，由于測(cè)序成本的持續(xù)降低及更多的測(cè)序服務(wù)供應(yīng)商選擇，可以預(yù)見的是測(cè)序數(shù)據(jù)的產(chǎn)量與規(guī)模大幅度提升。而這部分?jǐn)?shù)據(jù)是必然需要分析的，在沒有大規(guī)模數(shù)據(jù)分析平臺(tái)之前，分析的效率受限于本地服務(wù)器的規(guī)模，數(shù)據(jù)量越大，分析的時(shí)間也越久。而測(cè)序的云計(jì)算平臺(tái)將有望突破這個(gè)瓶頸，100個(gè)樣本，1000個(gè)樣本，分析的時(shí)間都僅跟1個(gè)樣本的分析時(shí)間類似，這將極大降低用戶的時(shí)間成本。預(yù)計(jì)隨著數(shù)據(jù)分析平臺(tái)化的出現(xiàn)，科研研究的周期將大大縮短。
　　臨床應(yīng)用領(lǐng)域
　　在傳統(tǒng)的診療模式下，臨床醫(yī)生需要各種檢查數(shù)據(jù)以及查體來對(duì)病人進(jìn)行診斷。一旦分子層面的檢測(cè)在臨床進(jìn)行開展，云計(jì)算平臺(tái)可以通過對(duì)同一種疾病臨床數(shù)據(jù)及分子檢測(cè)數(shù)據(jù)的收集和快速分析，對(duì)特定的病人給出相應(yīng)的輔助診斷參考，甚至給予相應(yīng)的用藥方案。臨床醫(yī)生在合理應(yīng)用的情況下，整個(gè)診斷的過程將會(huì)變得更快速以及更準(zhǔn)確。如果未來疾病的發(fā)展演變成依據(jù)分子水平的變化進(jìn)行分類，那么諸如GCBI等云計(jì)算平臺(tái)對(duì)臨床的幫助會(huì)更大。
　　個(gè)人健康
　　隨著測(cè)序技術(shù)在醫(yī)療領(lǐng)域的應(yīng)用，市面上已經(jīng)有不少針對(duì)個(gè)人健康的檢測(cè)業(yè)務(wù)了，檢測(cè)方法包括個(gè)人全基因組測(cè)序、定制化基因芯片等等。而這些數(shù)據(jù)的分析與解讀也會(huì)隨著檢測(cè)成本的下降變得越來越普遍。當(dāng)每個(gè)人都會(huì)去做這樣的檢測(cè)時(shí)，云計(jì)算平臺(tái)將有望對(duì)這部分?jǐn)?shù)據(jù)的快速解讀提供可行的解決方案。個(gè)人用戶將更快速地獲取自己的結(jié)果報(bào)告。
　　合作模式
　　鑒于生物信息云計(jì)算平臺(tái)的強(qiáng)大功能，有望在平臺(tái)與科研單位、臨床研究者甚至企業(yè)之間搭建各種各樣的合作模式。科研單位與云平臺(tái)的合作能加快科研成果的輸出，云平臺(tái)可以幫助科研單位進(jìn)行成果的轉(zhuǎn)化與應(yīng)用;臨床研究者可以借助云平臺(tái)進(jìn)行輔助診斷，云平臺(tái)通過臨床數(shù)據(jù)的輸入不斷使診斷模型優(yōu)化;企業(yè)通過云平臺(tái)可以推廣自有產(chǎn)品，云平臺(tái)也可以給用戶提供更多樣的供應(yīng)商選擇。
　　可以預(yù)見的是，生物信息云計(jì)算平臺(tái)的強(qiáng)大能力不僅僅會(huì)體現(xiàn)在其計(jì)算能力上，臨床應(yīng)用，合作轉(zhuǎn)化等方面都可以展現(xiàn)其潛力。就讓我們拭目以待看看云計(jì)算平臺(tái)的發(fā)展吧。

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